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195.
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global multiple nucleotide or peptide sequence alignment
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Summary
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alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
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Translated by
Michael Vogt
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Located in
Package: clustalw
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196.
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This program performs an alignment of multiple nucleotide or amino acid sequences. It recognizes the format of input sequences and whether the sequences are nucleic acid (DNA/RNA) or amino acid (proteins). The output format may be selected from in various formats for multiple alignments such as Phylip or FASTA. Clustal[nbsp]W is very well accepted.
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Description
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Ce programme réalise l'alignement de séquences multiples de nucléotides ou d'acides aminés. Il identifie le format des séquences en entrée et détermine s'il s'agit d'acides nucléiques (ADN/ARN) ou d'acides aminés (peptides). Le format en sortie peut être choisi parmi divers formats pour les alignements multiples, comme Phylip ou FASTA. Clustal W est largement reconnu.
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Translated by
Michael Vogt
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Located in
Package: clustalw
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197.
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The output of Clustal[nbsp]W can be edited manually but preferably with an alignment editor like SeaView or within its companion Clustal[nbsp]X. When building a model from your alignment, this can be applied for improved database searches. The Debian package hmmer creates such in form of an HMM.
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Description
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Les données en sortie de Clustal W peuvent être modifiées manuellement ou avec un éditeur d'alignement comme Seaview ou le logiciel compagnon Clustal X. Lorsqu'un modèle est construit à partir des alignements, il peut être utilisé pour améliorer les recherches dans les bases de données. Celles-ci peuvent être créées sous forme de modèles de Markov (HMM) avec le paquet HMMER.
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Translated by
Michael Vogt
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Located in
Package: clustalw
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198.
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MPI-distributed global sequence alignment with ClustalW
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Summary
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Alignement de séquence globale distribuées-mpi avec ClustalW
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Translated and reviewed by
Pierre Slamich
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Located in
Package: clustalw-mpi
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199.
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ClustalW is a popular tool for multiple sequence alignment. The alignment is achieved via three steps: pairwise alignment, guide-tree generation and progressive alignment. ClustalW-MPI is an MPI implementation of ClustalW. Based on version 1.82 of the original ClustalW, both the pairwise and progressive alignments are parallelized with MPI, a popular message passing programming standard. The pairwise alignments can be easily parallelized since the many alignments are time independent on each other. However the progressive alignments are essentially not parallelizable because of the time dependencies between each alignment.
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Description
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ClustalW est un outil populaire pour l'alignement de séquences multiples. L'alignement est réalisé en trois étapes: l'alignement par paires, génération d'arbres de guides et l'alignement progressif. ClustalW-MPI est une implémentation de MPI ClustalW. Basé sur la version 1.82 de ClustalW original, les alignements par paires et progressifs sont parallélisés avec MPI, un standard populaire de programmation de passage de messages. Les alignements par paires peuvent être facilement parallélisés puisque les nombreux alignements sont indépendants en temps l'un de l'autre. Toutefois, les alignements progressifs sont essentiellement non parallélisables en raison des dépendances de temps entre chaque alignement.
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Translated and reviewed by
Pierre Slamich
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Located in
Package: clustalw-mpi
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200.
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Here the recursive parallelism paradigm is applied to the linear space profile-profile alignment algorithm. This approach is more time efficient on computers with distributed memory architecture. Traditional approach that relies on precomputing the profile-profile score matrix has also been implemented. Results shown the latter is indeed more appropriate for shared memory multiprocessor computer.
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Description
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Ici le paradigme parallélisme récursif est appliqué à l'algorithme d'alignement espace linéaire profil-profil. Cette approche est plus efficace en temps sur les ordinateurs avec architecture à mémoire distribuée. L'approche traditionnelle qui repose sur des précalculs de la matrice score du profil-profil a également été mise en oeuvre. Les résultats ont montré que cette dernière est en effet plus appropriée pour les ordinateurs à processeurs à mémoire partagée.
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Translated by
Pierre Slamich
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Reviewed by
gisele perreault
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Located in
Package: clustalw-mpi
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201.
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ClustalX is suggested for its support for local realignments, seaview is a versatile editor of alignments.
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Description
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ClustalX est suggéré pour sa prise en charge des réalignements locaux, seaview est un éditeur polyvalent des alignements.
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Translated and reviewed by
Pierre Slamich
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Located in
Package: clustalw-mpi
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202.
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The original ClustalW/ClustalX can be found at URL: http://www.clustal.org/download/pre-2/
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Description
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Le programme ClustalW/ClustalX original peut être trouvé à l'adresse: http://www.clustal.org/download/pre-2/
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Translated and reviewed by
Pierre Slamich
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Located in
Package: clustalw-mpi
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203.
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Multiple alignment of nucleic acid and protein sequences (graphical interface)
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Summary
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alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique
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Translated by
Michael Vogt
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Located in
Package: clustalx
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204.
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This package offers a GUI interface for the Clustal multiple sequence alignment program. It provides an integrated environment for performing multiple sequence- and profile-alignments to analyse the results. The sequence alignment is displayed in a window on the screen. A versatile coloring scheme has been incorporated to highlight conserved features in the alignment. For professional presentations, one should use the texshade LaTeX package or boxshade.
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Description
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Ce paquet offre une interface graphique utilisateur pour le programme Clustal d'alignement de plusieurs séquences. Il fournit un environnement intégré pour effectuer plusieurs alignements par séquence et par profil pour analyser les résultats. L'alignement de séquences est affiché dans une fenêtre sur l'écran. Un système de coloration souple a été intégré pour mettre en évidence les caractéristiques conservées dans l'alignement. Pour les présentations professionnelles, il convient d'utiliser le paquet texshade (LaTeX) ou boxshade .
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Translated by
Michael Vogt
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Located in
Package: clustalx
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