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199.
ClustalW is a popular tool for multiple sequence alignment. The alignment is achieved via three steps: pairwise alignment, guide-tree generation and progressive alignment. ClustalW-MPI is an MPI implementation of ClustalW. Based on version 1.82 of the original ClustalW, both the pairwise and progressive alignments are parallelized with MPI, a popular message passing programming standard. The pairwise alignments can be easily parallelized since the many alignments are time independent on each other. However the progressive alignments are essentially not parallelizable because of the time dependencies between each alignment.
 
Description
ClustalW est un outil populaire pour l'alignement de séquences multiples. L'alignement est réalisé en trois étapes: l'alignement par paires, génération d'arbres de guides et l'alignement progressif. ClustalW-MPI est une implémentation de MPI ClustalW. Basé sur la version 1.82 de ClustalW original, les alignements par paires et progressifs sont parallélisés avec MPI, un standard populaire de programmation de passage de messages. Les alignements par paires peuvent être facilement parallélisés puisque les nombreux alignements sont indépendants en temps l'un de l'autre. Toutefois, les alignements progressifs sont essentiellement non parallélisables en raison des dépendances de temps entre chaque alignement.
Translated and reviewed by Pierre Slamich
Located in Package: clustalw-mpi
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