Package Descriptions for Ubuntu

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9224.
quality control for high throughput sequence data
 
Summary
contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fastqc
9225.
FastQC aims to provide a simple way to do some quality control checks on raw sequence data coming from high throughput sequencing pipelines. It provides a modular set of analyses which you can use to give a quick impression of whether your data has any problems of which you should be aware before doing any further analysis.
 
Description
FastQC a pour objectif de fournir un moyen simple de faire des contrôles de qualité sur des données de séquences brutes provenant de pipelines de séquençage à haut débit. Il propose un ensemble modulaire d'analyses pouvant être utilisées pour donner une impression rapide des problèmes dont l'utilisateur devrait être au courant avant de faire une analyse plus poussée.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fastqc
9226.
The main functions of FastQC are
* Import of data from BAM, SAM or FastQ files (any variant)
* Providing a quick overview to tell you in which areas there may
be problems
* Summary graphs and tables to quickly assess your data
* Export of results to an HTML based permanent report
* Offline operation to allow automated generation of reports without
running the interactive application
 
Description
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(no translation yet)
Located in Package: fastqc
9227.
phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences
 
Summary
arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fasttree
9228.
FastTree infers approximately-maximum-likelihood phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences. It handles alignments with up to a million of sequences in a reasonable amount of time and memory. For large alignments, FastTree is 100-1,000 times faster than PhyML 3.0 or RAxML 7.
 
Description
Le paquet FastTree déduit les arbres phylogénétiques de probabilité approximativement maximale des alignements de nucléotides ou des séquences de protéines. Il manipule des alignements jusqu'à un million de séquences en une quantité de temps et de mémoire raisonnable. Pour de grands alignements, le paquet FastTree est 100 à 1000 fois plus rapide que la version[nbsp]3.0 du paquet PhyML ou la version[nbsp]7 du paquet RAxML.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fasttree
9229.
FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").
 
Description
Le paquet FastTree est plus précis que la version[nbsp]3 du paquet PhyML avec des paramètres par défaut, et bien plus précis que les méthodes de matrices de distances qui sont traditionnellement utilisées pour de grands alignements. Le paquet FastTree utilise les modèles de Jukes-Cantor (1969) ou «[nbsp]Generalized Time Reversible[nbsp]» (GTR . Simon Tavaré , 1986) de l'évolution de nucléotides et le modèle de Jones, Taylor and Thornton (1992) de l'évolution des acides aminés. Pour tenir compte des taux variants de l'évolution à travers les sites, FastTree utilise un taux unique de chaque site (l'approximation CAT). Pour estimer rapidement la fiabilité de chaque scission dans l'arbre, le paquet FastTree calcule les valeurs d'appui avec le test de Shimodaira-Hasegawa (1999[nbsp]; Ces valeurs d'appui sont les mêmes que «[nbsp]les appuis locaux de type Shimodaira-Hasegawa[nbsp]» de la version[nbsp]3 du paquet PhyML.)
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fasttree
9230.
This package contains a single threaded version (fasttree) and a parallel version which uses OpenMP (fasttreMP).
 
Description
Ce paquet contient une version à processus en série (fasttree) et une version à processus en parallèle qui utilise OpenMP (fasttreMP).
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fasttree
9231.
FASTQ/A short nucleotide reads pre-processing tools
 
Summary
outils de prétraitement des lectures de nucléotides courts aux formats FASTQ/A
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fastx-toolkit
9232.
The FASTX-Toolkit is a collection of command line tools for preprocessing short nucleotide reads in FASTA and FASTQ formats, usually produced by Next-Generation sequencing machines. The main processing of such FASTA/FASTQ files is mapping (aligning) the sequences to reference genomes or other databases using specialized programs like BWA, Bowtie and many others. However, it is sometimes more productive to preprocess the FASTA/FASTQ files before mapping the sequences to the genome—manipulating the sequences to produce better mapping results. The FASTX-Toolkit tools perform some of these preprocessing tasks.
 
Description
Le kit FASTX est une collection d'outils en ligne de commande pour le prétraitement des lectures de nucléotides courts dans les formats FASTA et FASTQ, habituellement produits par les machines de séquençage. Le principal traitement de ces fichiers FASTA/FASTQ est la cartographie (alignement) des séquences sur des génomes de référence ou autres bases de données à l'aide de programmes spécialisés tels que BWA, Bowtie et de nombreux autres. Cependant, il est parfois plus productif de prétraiter les fichiers FASTA/FASTQ avant d'aligner les séquences avec les génomes de référence ou de manipuler les séquences afin de produire de meilleurs résultats. Le kit FASTX réalise quelques-unes de ces tâches de prétraitement.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fastx-toolkit
9233.
Utility to control attributes on a FAT filesystem
 
Summary
utilitaire de contrôle des attributs sur un système de fichiers FAT
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fatattr
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Contributors to this translation: 4E4F, AUGUSTIN BRONDINO, Abdoulaye, Alban CLERGEOT, Alban V, Alexandre, Alexandre Croteau, Alexandre Franke, Anne017, Anthony Noël, Apophis666, Aquilon, ArnaultVandeveld, Arnold Couchard, Arthur Sauvage, Arzach, Ash26, Aurélien RIVIERE, Aurélien Ribeiro, Babey, Baptiste, Baptiste Fontaine, Benitron, Berenger Okei, Bernos Guillaume, Bertrand Croq, Beuss, Bi30, Blackestmajor, Bonsoir, Borni DHIFI, Bristow, Bruno, Bruno, Bruno Avet, Cajuteq, Carcasse, CedS, Christophe Eschbach, Citron28, Clarence Snickers, ClemZ, CoudCoud, Damien H, DarkVodKa, David ., David Futcher, David Nottin, David Racine, Eglantine Schmitt, Emmanuel Gil Peyrot, Enrico Rosina, Ersplus, Flo Rahl, Florent (LSc), Florian-delaroche, FreddyONe73, GIRONE Remi, Geoffrey, Glyca, Goshu, GuiMol, Guillaume, Gwab, Havok Novak, Indhi Rousseau, Ir0nsh007er, J&V Georges, Jean-Christophe, Jean-Marc, Jerod212, Joachim R., Jonas Rockenbauer, Jonathan Pasquier, Julien, Julien Henry, Julien Humbert, Julien Rouvier, JurisZombie, Kafi, Kolibry, Ktux, Laurent N, Laurent Thibaud, Le Bourhis Mikaël, Lentdormi, Lola Farret, Louis Dubois, Louis Moureaux, Lucas Bayol, Maeda, Marot Célestin, Mathieu Disy, Max, Maxim Lopez, Michael Vogt, MilkaJinka, Moneron Xavier, NSV, NaSH, Nguyen Jérémy, Nicolas Delvaux, Nicolas Robin, Nissar Chababy, NoZ, OUBRAIM Rachid, Olivier, Olivier Copetto, Olivier FAYOLLE, Olivier Febwin, OlivierT, PEIGNOT Kévin, Paer, Paquelier Alain, Pascal Maugendre, Paul Forget, Paulvirtuel, Philip Millan, Philippe, Pier-Luc Ducharme, Pierre Scacchi, Pierre Slamich, Pierre-Alexandre Racine, Pierre-Alexis, Pierrick Vandenbroucke, Pique, Plank, Quentin Dorveaux, Quentin Santander, Ralphi2811, Remiweb, Removed by request, Robin Dumont-Chaponet, Romain, Romain DEJEAN, Roms, Rémi Berthoz, Rémi Larrouquis, Salvato-Vallverdu, SarahSlean, Seb24, Serge Pilon, Simon, Simon THOBY, St3ph, Stanislas Michalak, Steve Langasek, Stéphane Maniaci, Stéphane V, Sydney, Sylvhem, Sylvie Gallet, Tarek, Teo Tedoldi, Teromene, Thibault Févry, Thomas, Thomas Quaglio, Thomas.M, Titanet, Toxxic Zad, Tubuntu, Valentin Lorentz, William, Xavier, YannUbuntu, Yayel, Yohann, Youcef PhnixLord, Yvan Arnaud, Yvance77, _Syzygy_, antoine, arkan, axelle oxford, baj, bameylan, blackorpheus, bloch, bpascal123, clappier, clement62910, cocof35, constantin, didier Belot, dom, dpl29, electroluth, elyr, enebre, fabkzo, flobe, fredb59, fredurb1, gerard, gfds, gisele perreault, grosvalpin, hamelin, hucste, idon'thaveaname, jdt37b, jean-bernard marcon, jlla, jplemoine, judejude, kidpaddle, kleiber, kura, lann, ldmpub, le_youki, lebendre, ljere, londumas, louis1806, mart3300, michel_95, moberch, mothsArt, oswald_volant, parislanuit, pythaboc, royto, samuel poette, seb35690, shunesburg69, slurbe, stagelll, sylvain, thenasa, tiritchi, titouan le folgoc, vmerlet, yasmine, yeassay, ymadec, yohann, Łukasz Zemczak.