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The FASTX-Toolkit is a collection of command line tools for preprocessing short nucleotide reads in FASTA and FASTQ formats, usually produced by Next-Generation sequencing machines. The main processing of such FASTA/FASTQ files is mapping (aligning) the sequences to reference genomes or other databases using specialized programs like BWA, Bowtie and many others. However, it is sometimes more productive to preprocess the FASTA/FASTQ files before mapping the sequences to the genome—manipulating the sequences to produce better mapping results. The FASTX-Toolkit tools perform some of these preprocessing tasks.
 
Description
Le kit FASTX est une collection d'outils en ligne de commande pour le prétraitement des lectures de nucléotides courts dans les formats FASTA et FASTQ, habituellement produits par les machines de séquençage. Le principal traitement de ces fichiers FASTA/FASTQ est la cartographie (alignement) des séquences sur des génomes de référence ou autres bases de données à l'aide de programmes spécialisés tels que BWA, Bowtie et de nombreux autres. Cependant, il est parfois plus productif de prétraiter les fichiers FASTA/FASTQ avant d'aligner les séquences avec les génomes de référence ou de manipuler les séquences afin de produire de meilleurs résultats. Le kit FASTX réalise quelques-unes de ces tâches de prétraitement.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fastx-toolkit
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