Package Descriptions for Ubuntu

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67418.
The IRanges class and its extensions are low-level containers for storing sets of integer ranges. A typical use of these containers in biology is for representing a set of chromosome regions. More specific extensions of the IRanges class will typically allow the storage of additional information attached to each chromosome region as well as a hierarchical relationship between these regions.
 
Description
La classe IRanges et ses extensions sont des conteneurs de bas niveau pour stocker des ensembles de plages d’entiers. Une utilisation courante de ces conteneurs en biologie est la représentation d’un ensemble de régions de chromosome. Des extensions plus particulières de la classe IRanges permettent le stockage d’informations supplémentaires pour chaque région de chromosome ainsi que les relations hiérarchiques entre ces régions.
Translated by Łukasz Zemczak
Located in Package: r-bioc-iranges
67419.
linear models for microarray data
 
Summary
modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-bioc-limma
67420.
A Bioconductor package for the analysis of gene expression microarray data, especially the use of linear models for analysing designed experiments and the assessment of differential expression. The package includes pre-processing capabilities for two-colour spotted arrays. The differential expression methods apply to all array platforms and treat Affymetrix, single channel and two channel experiments in a unified way.
 
Description
Il s’agit d’un programme du projet Bioconductor pour l’analyse de données d’expression de gènes de puce (microarray), particulièrement avec l’utilisation de modèles linéaires pour l’analyse de conception d’expériences et l’évaluation d’expression différentielle. Le paquet fournit des possibilités de pré-traitement pour les puces décolorées en deux couleurs. Les méthodes d’expression différentielle s’appliquent à toutes les plateformes de puce et traitent les expérimentations simple canal et double canaux d’Affymetrix, de manière unifiée.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-bioc-limma
67421.
BioConductor CDF Environment Maker
 
Summary
(no translation yet)
Located in Package: r-bioc-makecdfenv
67422.
This package has two functions. One reads a Affymetrix chip description file (CDF) and creates a hash table environment containing the location/probe set membership mapping. The other creates a package that automatically loads that environment.
 
Description
(no translation yet)
Located in Package: r-bioc-makecdfenv
67423.
BioConductor collection of pre-processing functions
 
Summary
collection de fonctions de prétraitement de BioConductor
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-bioc-preprocesscore
67424.
This BioConductor module contains a library of pre-processing functions. It is imported by several other BioConductor modules.
 
Description
Ce module de BioConductor fournit une bibliothèque de fonctions de prétraitement. Il est importé par plusieurs autres modules de BioConductor.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-bioc-preprocesscore
67425.
GNU R package for Q-value estimation for FDR control
 
Summary
paquet de GNU[nbsp]R pour une estimation de valeurs-q pour le contrôle FDR
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-bioc-qvalue
67426.
This package takes a list of p-values resulting from the simultaneous testing of many hypotheses and estimates their q-values. The q-value of a test measures the proportion of false positives incurred (called the false discovery rate) when that particular test is called significant. Various plots are automatically generated, allowing one to make sensible significance cut-offs. Several mathematical results have recently been shown on the conservative accuracy of the estimated q-values from this software. The software can be applied to problems in genomics, brain imaging, astrophysics, and data mining.
 
Description
Ce paquet prend une liste de valeurs-p résultant du test simultané de plusieurs hypothèses et calcule leurs valeurs-q. La valeur-q d’un test mesure la proportion de faux positifs (appelé false discovery rate —[nbsp]taux de fausses découvertes) occasionnée quand un test particulier est dit significatif. Divers tracés sont automatiquement générés, permettant de dégager des niveaux de seuil pertinents. Plusieurs résultats mathématiques ont récemment montré la précision conservative des valeurs-q estimées à partir de ce logiciel. Ce logiciel peut être utilisé pour des problèmes de génomique, d’imagerie cérébrale, d’astrophysique ou d’exploration de données.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-bioc-qvalue
67427.
GNU R abind multi-dimensional array combination function
 
Summary
Fonction abind de combinaison de tableaux multi-dimentionnels pour GNU[nbsp]R
Translated by Michael Vogt
Located in Package: r-cran-abind
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Contributors to this translation: 4E4F, AUGUSTIN BRONDINO, Abdoulaye, Alban CLERGEOT, Alban V, Alexandre, Alexandre Croteau, Alexandre Franke, Anne017, Anthony Diep, Anthony Noël, Apophis666, Aquilon, ArnaultVandeveld, Arnold Couchard, Arthur Sauvage, Arzach, Ash26, Aurélien RIVIERE, Aurélien Ribeiro, Babey, Baptiste, Baptiste Fontaine, Benitron, Berenger Okei, Bernos Guillaume, Bertrand Croq, Beuss, Bi30, Blackestmajor, Bonsoir, Borni DHIFI, Bristow, Bruno, Bruno, Bruno Avet, Cajuteq, Carcasse, CedS, Christophe Eschbach, Citron28, Clarence Snickers, ClemZ, CoudCoud, Damien H, DarkVodKa, Darry, David ., David Futcher, David Nottin, David Racine, Eglantine Schmitt, Emmanuel Gil Peyrot, Enrico Rosina, Ersplus, Flo Rahl, Florent (LSc), Florian-delaroche, FreddyONe73, GIRONE Remi, Geoffrey, Glyca, Goshu, GuiMol, Guillaume, Gwab, Havok Novak, Indhi Rousseau, Ir0nsh007er, J&V Georges, Jean-Christophe, Jean-Marc, Jenny B, Jerod212, Joachim R., Joel Chav, Jonas Rockenbauer, Jonathan Pasquier, Julien, Julien Henry, Julien Humbert, Julien Rouvier, JurisZombie, Kafi, Kolibry, Ktux, Laurent N, Laurent Thibaud, Le Bourhis Mikaël, Lentdormi, Lola Farret, Louis Dubois, Louis Moureaux, Lucas Bayol, Maeda, Marot Célestin, Mathieu Disy, Max, Maxence BOTHOREL, Maxim Lopez, Mehdi Benadel, Michael Vogt, MilkaJinka, Moneron Xavier, Morgan, NSV, NaSH, Nguyen Jérémy, Nicolas Delvaux, Nicolas Maître, Nicolas Robin, Nissar Chababy, OUBRAIM Rachid, Olivier, Olivier Copetto, Olivier FAYOLLE, Olivier Febwin, Olivier Vopat, OlivierT, PEIGNOT Kévin, Paer, Paquelier Alain, Pascal Maugendre, Paul Forget, Paulvirtuel, Philip Millan, Philippe, Pier-Luc Ducharme, Pierre Scacchi, Pierre Slamich, Pierre-Alexandre Racine, Pierre-Alexis, Pierrick Vandenbroucke, Pique, Plank, Quentin Dorveaux, Quentin Santander, Ralphi2811, Remiweb, Removed by request, Robin Dumont-Chaponet, Romain, Romain DEJEAN, Roms, Rémi Berthoz, Rémi Larrouquis, Salvato-Vallverdu, SarahSlean, Seb24, Serge Pilon, Simon, Simon THOBY, St3ph, Stanislas Michalak, Steve Langasek, Stéphane Maniaci, Stéphane V, Sydney, Sylvhem, Sylvie Gallet, Tarek, Teo Tedoldi, Teromene, Thibault Févry, Thomas, Thomas Quaglio, Thomas.M, Titanet, Toxxic Zad, Tubuntu, Valentin Lorentz, William, Xavier, YannUbuntu, Yayel, Yohann, Youcef PhnixLord, Yvan Arnaud, Yvance77, _Syzygy_, afro luffy, antoine, arkan, axelle oxford, baj, bameylan, blackorpheus, bloch, bpascal123, clappier, clement62910, cocof35, constantin, dhorne, didier Belot, dom, dpl29, electroluth, elyr, enebre, fabkzo, flobe, fredb59, fredurb1, gerard, gfds, gisele perreault, grosvalpin, hamelin, hucste, idon'thaveaname, jdt37b, jean-bernard marcon, jlla, jplemoine, judejude, kidpaddle, kleiber, kura, lann, ldmpub, le_youki, lebendre, ljere, londumas, louis1806, mart3300, michel_95, moberch, mothsArt, oswald_volant, parislanuit, pythaboc, royto, samuel poette, shunesburg69, slurbe, stagelll, sylvain, thenasa, tiritchi, titouan le folgoc, vmerlet, vovd, yasmine, yeassay, ymadec, yohann, Łukasz Zemczak.