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58985.
ProDA is a system for automated detection and alignment of homologous regions in collections of proteins with arbitrary domain architectures. Given an input set of unaligned sequences, ProDA identifies all homologous regions appearing in one or more sequences, and returns a collection of local multiple alignments for these regions.
 
Description
ProDA est un programme pour détecter et aligner les régions homologues dans des collections de protéines comportant divers arrangements de domaines. À partir d'un ensemble de séquences non alignées, ProDA identifiera toutes les régions homologues apparaissant dans une ou plusieurs séquences et renverra une collection d'alignements multiples locaux pour chacune d'entre elles.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: proda
58986.
predictor of flexible/rigid protein residues from sequence
 
Summary
prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence
Translated by Michael Vogt
Located in Package: profbval
58987.
PROFbval can be useful for both protein structure and function predictions. For instance, a biologist can locate potentially antigenic determinants by identifying the most flexible residues on the protein surface. Additionally, a crystallographer can locate residues that potentially have high experimental B-values.
 
Description
PROFbval peut servir à la prédiction de la structure et de la fonction d'une protéine. Par exemple, un biologiste peut localiser des déterminants potentiellement antigéniques en identifiant les résidus les plus flexibles à la surface d'une protéine. En outre, un cristallographe peut localiser des résidus ayant potentiellement des B-valeurs élevées expérimentales.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: profbval
58988.
PROFbval takes the following input, further described on profbval(1):
* a protein sequence in a FASTA file
* secondary structure and solvent accessibility prediction by prof(1)
* an HSSP file
 
Description
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(no translation yet)
Located in Package: profbval
58989.
Background: the mobility of a given residue on the protein surface is related to its functional role. Therefore, identification of extremely rigid or flexible residues on the protein surface is helpful for identifying functionally important residues in proteins. A common measure of atom mobility in proteins is B-value data from x-ray crystallography structures. PROFbval is the first tool to predict normalized backbone B-values from amino-acid sequence.
 
Description
Contexte[nbsp]: la mobilité d'un résidu donné à la surface d'une protéine est liée à son rôle fonctionnel. Donc, l'identification de résidus extrêmement rigides ou flexibles à la surface d'une protéine permet d'identifier les résidus fonctionnellement importants des protéines. La mesure classique de la mobilité des atomes dans les protéines constitue des données B-valeur à partir de structures de cristallographie aux rayon⋅X. PROFbval est le premier outil pour prédire des B-valeurs normalisées d'un squelette à partir d'une séquence d'acides aminés.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: profbval
58990.
prediction of protein-protein interaction sites from sequence
 
Summary
prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence
Translated by Michael Vogt
Located in Package: profisis
58991.
Profisis (ISIS) identifies interacting protein residues in protein-protein interfaces from sequence alone.
 
Description
Le logiciel PROFisis (ISIS) identifie l'interaction des résidus de protéines dans les surfaces protéine-protéine à partir d'une séquence seule.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: profisis
58992.
The strongest predictions of the method reached over 90% accuracy in a cross-validation experiment.
 
Description
Les prédictions les plus fortes de la méthode ont atteint plus 90[nbsp]% de précision lors d'une expérience de validation croisée.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: profisis
58993.
neural network architecture for profbval
 
Summary
Architecture de réseau neuronal pour profbval
Translated and reviewed by Pierre Slamich
Located in Package: profnet-bval
58994.
Profnet is a component of the prediction methods that make up the Predict Protein service by the lab of Burkhard Rost. It provides the neural network component to a variety of predictors that perform protein feature prediction directly from sequence. This neural network implementation has to be compiled for every different network architecture. This package contains the neural network architecture for profbval.
 
Summary
ProfNet est un composant des méthodes de prédiction qui constituent le service Predict Protein par le laboratoire de Burkhard Rost. Il fournit le composant de réseau neuronal à plusieurs variables prédictives qui effectuent des prédictions caractéristiques des protéines directement depuis la séquence. Cette mise en œuvre de réseau neuronal doit être compilée pour chacune des différentes architectures de réseau. Ce paquet contient l'architecture du réseau neuronal pour profbval.
Translated by Sylvie Gallet
Reviewed by gisele perreault
Located in Package: profnet-bval
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Contributors to this translation: 4E4F, AUGUSTIN BRONDINO, Abdoulaye, Alban CLERGEOT, Alban V, Alexandre, Alexandre Croteau, Alexandre Franke, Anne017, Anthony Noël, Apophis666, Aquilon, ArnaultVandeveld, Arnold Couchard, Arthur Sauvage, Arzach, Ash26, Aurélien RIVIERE, Aurélien Ribeiro, Babey, Baptiste, Baptiste Fontaine, Benitron, Berenger Okei, Bernos Guillaume, Bertrand Croq, Beuss, Bi30, Blackestmajor, Bonsoir, Borni DHIFI, Bristow, Bruno, Bruno, Bruno Avet, Cajuteq, Carcasse, CedS, Christophe Eschbach, Citron28, Clarence Snickers, ClemZ, CoudCoud, Damien H, DarkVodKa, David ., David Futcher, David Nottin, David Racine, Eglantine Schmitt, Emmanuel Gil Peyrot, Enrico Rosina, Ersplus, Flo Rahl, Florent (LSc), Florian-delaroche, FreddyONe73, GIRONE Remi, Geoffrey, Glyca, Goshu, GuiMol, Guillaume, Gwab, Havok Novak, Indhi Rousseau, Ir0nsh007er, J&V Georges, Jean-Christophe, Jean-Marc, Jerod212, Joachim R., Jonas Rockenbauer, Jonathan Pasquier, Julien, Julien Henry, Julien Humbert, Julien Rouvier, JurisZombie, Kafi, Kolibry, Ktux, Laurent N, Laurent Thibaud, Le Bourhis Mikaël, Lentdormi, Lola Farret, Louis Dubois, Louis Moureaux, Lucas Bayol, Maeda, Marot Célestin, Mathieu Disy, Max, Maxence BOTHOREL, Maxim Lopez, Michael Vogt, MilkaJinka, Moneron Xavier, Morgan, NSV, NaSH, Nguyen Jérémy, Nicolas Delvaux, Nicolas Robin, Nissar Chababy, OUBRAIM Rachid, Olivier, Olivier Copetto, Olivier FAYOLLE, Olivier Febwin, Olivier Vopat, OlivierT, PEIGNOT Kévin, Paer, Paquelier Alain, Pascal Maugendre, Paul Forget, Paulvirtuel, Philip Millan, Philippe, Pier-Luc Ducharme, Pierre Scacchi, Pierre Slamich, Pierre-Alexandre Racine, Pierre-Alexis, Pierrick Vandenbroucke, Pique, Plank, Quentin Dorveaux, Quentin Santander, Ralphi2811, Remiweb, Removed by request, Robin Dumont-Chaponet, Romain, Romain DEJEAN, Roms, Rémi Berthoz, Rémi Larrouquis, Salvato-Vallverdu, SarahSlean, Seb24, Serge Pilon, Simon, Simon THOBY, St3ph, Stanislas Michalak, Steve Langasek, Stéphane Maniaci, Stéphane V, Sydney, Sylvhem, Sylvie Gallet, Tarek, Teo Tedoldi, Teromene, Thibault Févry, Thomas, Thomas Quaglio, Thomas.M, Titanet, Toxxic Zad, Tubuntu, Valentin Lorentz, William, Xavier, YannUbuntu, Yayel, Yohann, Youcef PhnixLord, Yvan Arnaud, Yvance77, _Syzygy_, afro luffy, antoine, arkan, axelle oxford, baj, bameylan, blackorpheus, bloch, bpascal123, calvin, clappier, clement62910, cocof35, constantin, didier Belot, dom, dpl29, electroluth, elyr, enebre, fabkzo, flobe, fredb59, fredurb1, gerard, gfds, gisele perreault, grosvalpin, hamelin, hucste, idon'thaveaname, jdt37b, jean-bernard marcon, jlla, jplemoine, judejude, kidpaddle, kleiber, kura, lann, ldmpub, le_youki, lebendre, ljere, londumas, louis1806, mart3300, michel_95, moberch, mothsArt, oswald_volant, parislanuit, pythaboc, royto, samuel poette, seb35690, shunesburg69, slurbe, stagelll, sylvain, thenasa, tiritchi, titouan le folgoc, vmerlet, vovd, yasmine, yeassay, ymadec, yohann, Łukasz Zemczak.