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53329.
The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) is the most widely used sequence similarity tool. There are versions of BLAST that compare protein queries to protein databases, nucleotide queries to nucleotide databases, as well as versions that translate nucleotide queries or databases in all six frames and compare to protein databases or queries. PSI-BLAST produces a position-specific-scoring-matrix (PSSM) starting with a protein query, and then uses that PSSM to perform further searches. It is also possible to compare a protein or nucleotide query to a database of PSSM’s. The NCBI supports a BLAST web page at blast.ncbi.nlm.nih.gov as well as a network service.
 
Description
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) est l'outil de similarité de séquences le plus répandu. Il existe des versions de BLAST qui comparent des séquences-test de protéine à des bases de données de protéines, des séquences-test de nucléotide à des bases de données de nucléotides, ainsi que des versions qui traduisent des séquences-test ou des bases de données de nucléotides dans tous les six cadres de lecture et les comparent à des bases de données de protéines ou à des séquences-test. PSI-BLAST produit une matrice de similarité d’alignement (PSSM —[nbsp]position-specific-scoring- matrix) à partir d’une séquence-test de protéine, puis utilise cette PSSM pour effectuer des recherches complémentaires. Il est aussi possible de comparer une séquence-test de protéine ou de nucléotide à une base de données de PSSM. NCBI gère une page web pour BLAST sur blast.ncbi.nlm.nih.gov ainsi qu'un service réseau.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-blast+
53330.
NCBI Blast legacy call script
 
Summary
script d’appel de legacy de BLAST du NCBI
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-blast+-legacy
53331.
This package adds some fake scripts to call NCBI+ programs with the NCBI blast command line. It makes use of the legacy_blast script in ncbi-blast+ package.
 
Description
Ce paquet ajoute quelques scripts de bricolage pour appeler des programmes NCBI+ avec la ligne de commande de BLAST du NCBI. Il utilise le script legacy_blast du paquet ncbi-blast+.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-blast+-legacy
53332.
To use those scripts, /usr/share/ncbi-blast+/bin must be added to the PATH.
 
Description
(no translation yet)
Located in Package: ncbi-blast+-legacy
53333.
Platform-independent data for the NCBI toolkit
 
Summary
données indépendantes de la plateforme pour le kit de développement du NCBI
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-data
53334.
This package contains support files needed by the NCBI toolkit on all platforms.
 
Description
Ce paquet fournit les fichiers de prise en charge nécessaires au kit de développement de NCBI pour toutes les plateformes.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-data
53335.
Tool to test a DNA sequence for the presence of sequence tagged sites
 
Summary
outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-epcr
53336.
Electronic PCR (e-PCR) is computational procedure that is used to identify sequence tagged sites(STSs), within DNA sequences. e-PCR looks for potential STSs in DNA sequences by searching for subsequences that closely match the PCR primers and have the correct order, orientation, and spacing that could represent the PCR primers used to generate known STSs.
 
Description
«[nbsp]Electronic PCR[nbsp]» («[nbsp]e-PCR[nbsp]») est une procédure de calcul utilisée pour tester la présence de séquences uniques d'ADN (en anglais[nbsp]: STS, sequence tagged sites) dans une séquence génomique. e-PCR recherche de potentielles STS dans des séquences génomiques en recherchant des sous-séquences très similaires aux amorces de PCR (en anglais[nbsp]: Polymerase Chain Reaction) et correctement ordonnées, orientées et espacées qui puissent représenter les amorces PCR utilisées pour générer les STS connus.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-epcr
53337.
The new version of e-PCR implements a fuzzy matching strategy. To reduce likelihood that a true STS will be missed due to mismatches, multiple discontigous words may be used instead of a single exact word. Each of this word has groups of significant positions separated by 'wildcard' positions that are not required to match. In addition, it is also possible to allow gaps in the primer alignments.
 
Description
La nouvelle version de E-PCR implémente une stratégie de reconnaissance floue. Pour réduire les chances qu'une vraie STS puisse être oubliée, des mots multiples et discontinus peuvent être utilisés au lieu d'un seul mot exact. Chacun de ces mots a des groupes de positions significatives séparés par des positions «[nbsp]joker[nbsp]» qui ne sont pas requises pour correspondre. De plus il est possible d'autoriser des trous dans les alignements de l'amorce.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-epcr
53338.
The main motivation for implementing reverse searching (called Reverse e-PCR) was to make it feasible to search the human genome sequence and other large genomes. The new version of e-PCR provides a search mode using a query sequence against a sequence database.
 
Description
La principale motivation pour implémenter une recherche inversée («[nbsp]Reverse e-PCR[nbsp]») était de rendre possible la recherche de séquence dans le génome humain et d'autres gros génomes. La nouvelle version de e-PCR fournit un mode de recherche utilisant une requête de séquence dans une base de données.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: ncbi-epcr
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Contributors to this translation: 4E4F, AUGUSTIN BRONDINO, Abdoulaye, Alban CLERGEOT, Alban V, Alexandre, Alexandre Croteau, Alexandre Franke, Anne017, Anthony Noël, Apophis666, Aquilon, ArnaultVandeveld, Arnold Couchard, Arthur Sauvage, Arzach, Ash26, Aurélien RIVIERE, Aurélien Ribeiro, Babey, Baptiste, Baptiste Fontaine, Benitron, Berenger Okei, Bernos Guillaume, Bertrand Croq, Beuss, Bi30, Blackestmajor, Bonsoir, Borni DHIFI, Bristow, Bruno, Bruno, Bruno Avet, Cajuteq, Carcasse, CedS, Christophe Eschbach, Citron28, Clarence Snickers, ClemZ, CoudCoud, Damien H, DarkVodKa, David ., David Futcher, David Nottin, David Racine, Eglantine Schmitt, Emmanuel Gil Peyrot, Enrico Rosina, Ersplus, Flo Rahl, Florent (LSc), Florian-delaroche, FreddyONe73, GIRONE Remi, Geoffrey, Glyca, Goshu, GuiMol, Guillaume, Gwab, Havok Novak, Indhi Rousseau, Ir0nsh007er, J&V Georges, Jean-Christophe, Jean-Marc, Jerod212, Joachim R., Jonas Rockenbauer, Jonathan Pasquier, Julien, Julien Henry, Julien Humbert, Julien Rouvier, JurisZombie, Kafi, Kolibry, Ktux, Laurent N, Laurent Thibaud, Le Bourhis Mikaël, Lentdormi, Lola Farret, Louis Dubois, Louis Moureaux, Lucas Bayol, Maeda, Marot Célestin, Mathieu Disy, Max, Maxence BOTHOREL, Maxim Lopez, Michael Vogt, MilkaJinka, Moneron Xavier, Morgan, NSV, NaSH, Nguyen Jérémy, Nicolas Delvaux, Nicolas Robin, Nissar Chababy, OUBRAIM Rachid, Olivier, Olivier Copetto, Olivier FAYOLLE, Olivier Febwin, Olivier Vopat, OlivierT, PEIGNOT Kévin, Paer, Paquelier Alain, Pascal Maugendre, Paul Forget, Paulvirtuel, Philip Millan, Philippe, Pier-Luc Ducharme, Pierre Scacchi, Pierre Slamich, Pierre-Alexandre Racine, Pierre-Alexis, Pierrick Vandenbroucke, Pique, Plank, Quentin Dorveaux, Quentin Santander, Ralphi2811, Remiweb, Removed by request, Robin Dumont-Chaponet, Romain, Romain DEJEAN, Roms, Rémi Berthoz, Rémi Larrouquis, Salvato-Vallverdu, SarahSlean, Seb24, Serge Pilon, Simon, Simon THOBY, St3ph, Stanislas Michalak, Steve Langasek, Stéphane Maniaci, Stéphane V, Sydney, Sylvhem, Sylvie Gallet, Tarek, Teo Tedoldi, Teromene, Thibault Févry, Thomas, Thomas Quaglio, Thomas.M, Titanet, Toxxic Zad, Tubuntu, Valentin Lorentz, William, Xavier, YannUbuntu, Yayel, Yohann, Youcef PhnixLord, Yvan Arnaud, Yvance77, _Syzygy_, afro luffy, antoine, arkan, axelle oxford, baj, bameylan, blackorpheus, bloch, bpascal123, calvin, clappier, clement62910, cocof35, constantin, didier Belot, dom, dpl29, electroluth, elyr, enebre, fabkzo, flobe, fredb59, fredurb1, gerard, gfds, gisele perreault, grosvalpin, hamelin, hucste, idon'thaveaname, jdt37b, jean-bernard marcon, jlla, jplemoine, judejude, kidpaddle, kleiber, kura, lann, ldmpub, le_youki, lebendre, ljere, londumas, louis1806, mart3300, michel_95, moberch, mothsArt, oswald_volant, parislanuit, pythaboc, royto, samuel poette, seb35690, shunesburg69, slurbe, stagelll, sylvain, thenasa, tiritchi, titouan le folgoc, vmerlet, vovd, yasmine, yeassay, ymadec, yohann, Łukasz Zemczak.