Package Descriptions for Ubuntu

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22258.
Bioinformatics framework for GNUstep and Cocoa (library files)
 
Summary
(no translation yet)
Located in Package: libbiococoa2
22259.
BioCocoa is an open source Cocoa framework for bioinformatics. It intends to provide Cocoa programmers with a full suite of tools for handling and manipulating biological sequences. Cocoa is a great framework for rapid application development and it is therefore often used to create innovative bioscientific apps. To speed up development even more, BioCocoa wants to offer reusable Cocoa classes that are specific for molecular biology and biofinformatics. At this time, BioCocoa offers model classes for biological sequences, controller classes for alignment, sequence manipulation and I/O, interfacing with ENTREZ and view classes that let you easily display and work with sequences in your own applications.
 
Description
BioCocoa est un cadre applicatif libre Cocoa pour la bio-informatique. Il vise à fournir aux programmeurs Cocoa une suite complète d'outils pour gérer et manipuler des séquences biologiques. Cocoa est un excellent cadre applicatif pour le développement rapide d'applications et donc, il est souvent utilisé pour créer des applications innovantes en bio-informatique. Pour accélérer encore plus le développement, BioCocoa souhaite offrir des classes Cocoa réutilisables qui sont spécifiques à la biologie moléculaire et à la bio-informatique. Actuellement, BioCocoa fournit des classes de modèle pour les séquences biologiques, des classes de contrôleur pour l'alignement, la manipulation de séquences et les entrées sorties s'interfaçant avec ENTREZ et de classes de visualisation qui permettent d'afficher et de travailler facilement avec des séquences dans ses propres applications.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiococoa2 Package: libbiococoa-dev
22260.
BioJava is an open-source project dedicated to providing a Java framework for processing biological data. It includes objects for manipulating sequences, file parsers, DAS client and server support, access to BioSQL and Ensembl databases, and powerful analysis and statistical routines including a dynamic programming toolkit.
 
Summary
BioJava est un projet à code source ouvert dédié à fournir un cadre applicatif Java pour le traitement de données biologiques. Il inclut des objets pour la manipulation de séquences, l'analyse de fichiers, la gestion de serveur, l'accès aux bases de données BioSQL et Ensembl, ainsi que des routines puissantes d'analyse et de statistique comprenant une boîte à outils de programmation dynamique.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiojava-java
22261.
Example programs for BioJava
 
Summary
programmes d'exemple pour BioJava
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiojava-java-demos
22262.
The package comes with a wealth of use cases for BioJava. It is generated together with the API documentation but because of its size of ~3.7MB it was decided to distribute it separately.
 
Description
Ce paquet apporte une série importante de cas d'utilisation de BioJava. Il est créé en même temps que la documentation, mais, à cause de sa taille d'environ⋅3,7⋅Mo, il a été choisi de le distribuer séparément.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiojava-java-demos
22263.
Java API to biological data and applications (version 1.7)
 
Summary
API Java pour des applications et des données biologiques –⋅version⋅1.7
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiojava1.7-java
22264.
This package presents the Open Source Java API to biological databases and a series of mostly sequence-based algorithms. The APIs are not compatible between versions. In analogy to the dealing with shared libraries of the C language, the jar file of this package has the API version in its name. It is symbolically linked to the expected biojava.jar filename in the package libbiojava-java. This will help keeping multiple versions of the biojava API in parallel.
 
Description
Ce paquet offre une interface de programmation Java à code source ouvert aux bases de données biologiques et une série d'algorithmes pour la plupart basés sur les séquences. Les API ne sont pas compatibles entre les versions. De façon analogue au traitement des bibliothèques partagées du langage⋅C, le fichier jar de ce paquet contient le numéro de version de l'API dans son nom. Il est lié symboliquement au nom de fichier biojava.jar attendu dans le paquet libbiojava-java. Cela aidera à garder plusieurs versions de l'API biojava en parallèle.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiojava1.9-java
22265.
Java API to biological data and applications (default version)
 
Summary
API Java pour des applications et des données biologiques –⋅version⋅par défaut
Translated by Steve Langasek
Located in Package: libbiojava4-java Package: libbiojava-java
22266.
BioJava is provided by a vibrant community which meets annually at the Bioinformatics Open Source Conference (BOSC) that traditionally accompanies the Intelligent Systems in Molecular Biology (ISMB) meeting. Much like BioPerl, the employment of this library is valuable for everybody active in the field because of the many tricks of the trade one learns just by communicating on the mailing list.
 
Description
Biojava est fourni par une communauté animée qui se réunit chaque année à la «⋅Bioinformatics Open Source Conference⋅» (BOSC) qui traditionnellement accompagne le congrés «⋅Intelligent Systems in Molecular Biology⋅» (ISMB). Tout à fait comme pour BioPerl, l'emploi de cette bibliothèque est profitable pour tous les gens actifs dans la discipline, parce que beaucoup de trucs du métier s'apprennent juste en communiquant sur la liste de diffusion.
Translated by Steve Langasek
Located in Package: libbiojava4-java Package: libbiojava-java
22267.
This is a wrapper package which should enable smooth upgrades to new versions.
 
Description
Il s'agit d'un paquet d'enveloppe qui peut permettre des mises à niveaux fluides vers de nouvelles versions.
Translated by Michael Vogt
Located in Package: libbiojava4-java
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Contributors to this translation: 4E4F, AUGUSTIN BRONDINO, Abdoulaye, Alban CLERGEOT, Alban V, Alexandre, Alexandre Croteau, Alexandre Franke, Anne017, Anthony Noël, Apophis666, Aquilon, ArnaultVandeveld, Arnold Couchard, Arthur Sauvage, Arzach, Ash26, Aurélien RIVIERE, Aurélien Ribeiro, Babey, Baptiste, Baptiste Fontaine, Benitron, Berenger Okei, Bernos Guillaume, Bertrand Croq, Beuss, Bi30, Blackestmajor, Bonsoir, Borni DHIFI, Bristow, Bruno, Bruno, Bruno Avet, Cajuteq, Carcasse, CedS, Christophe Eschbach, Citron28, Clarence Snickers, ClemZ, CoudCoud, Damien H, DarkVodKa, David ., David Futcher, David Nottin, David Racine, Eglantine Schmitt, Emmanuel Gil Peyrot, Enrico Rosina, Ersplus, Flo Rahl, Florent (LSc), Florian-delaroche, FreddyONe73, GIRONE Remi, Geoffrey, Glyca, Goshu, GuiMol, Guillaume, Gwab, Havok Novak, Indhi Rousseau, Ir0nsh007er, J&V Georges, Jean-Christophe, Jean-Marc, Jerod212, Joachim R., Jonas Rockenbauer, Jonathan Pasquier, Julien, Julien Henry, Julien Humbert, Julien Rouvier, JurisZombie, Kafi, Kolibry, Ktux, Laurent N, Laurent Thibaud, Le Bourhis Mikaël, Lentdormi, Lola Farret, Louis Dubois, Louis Moureaux, Lucas Bayol, Maeda, Marot Célestin, Mathieu Disy, Max, Maxence BOTHOREL, Maxim Lopez, Michael Vogt, MilkaJinka, Moneron Xavier, Morgan, NSV, NaSH, Nguyen Jérémy, Nicolas Delvaux, Nicolas Robin, Nissar Chababy, OUBRAIM Rachid, Olivier, Olivier Copetto, Olivier FAYOLLE, Olivier Febwin, Olivier Vopat, OlivierT, PEIGNOT Kévin, Paer, Paquelier Alain, Pascal Maugendre, Paul Forget, Paulvirtuel, Philip Millan, Philippe, Pier-Luc Ducharme, Pierre Scacchi, Pierre Slamich, Pierre-Alexandre Racine, Pierre-Alexis, Pierrick Vandenbroucke, Pique, Plank, Quentin Dorveaux, Quentin Santander, Ralphi2811, Remiweb, Removed by request, Robin Dumont-Chaponet, Romain, Romain DEJEAN, Roms, Rémi Berthoz, Rémi Larrouquis, Salvato-Vallverdu, SarahSlean, Seb24, Serge Pilon, Simon, Simon THOBY, St3ph, Stanislas Michalak, Steve Langasek, Stéphane Maniaci, Stéphane V, Sydney, Sylvhem, Sylvie Gallet, Tarek, Teo Tedoldi, Teromene, Thibault Févry, Thomas, Thomas Quaglio, Thomas.M, Titanet, Toxxic Zad, Tubuntu, Valentin Lorentz, William, Xavier, YannUbuntu, Yayel, Yohann, Youcef PhnixLord, Yvan Arnaud, Yvance77, _Syzygy_, afro luffy, antoine, arkan, axelle oxford, baj, bameylan, blackorpheus, bloch, bpascal123, calvin, clappier, clement62910, cocof35, constantin, didier Belot, dom, dpl29, electroluth, elyr, enebre, fabkzo, flobe, fredb59, fredurb1, gerard, gfds, gisele perreault, grosvalpin, hamelin, hucste, idon'thaveaname, jdt37b, jean-bernard marcon, jlla, jplemoine, judejude, kidpaddle, kleiber, kura, lann, ldmpub, le_youki, lebendre, ljere, londumas, louis1806, mart3300, michel_95, moberch, mothsArt, oswald_volant, parislanuit, pythaboc, royto, samuel poette, seb35690, shunesburg69, slurbe, stagelll, sylvain, thenasa, tiritchi, titouan le folgoc, vmerlet, vovd, yasmine, yeassay, ymadec, yohann, Łukasz Zemczak.