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SeaView reads and writes various file formats (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) of DNA and protein sequences and of phylogenetic trees. Alignments can be manually edited. It drives the programs Muscle or ClustalÂ[nbsp]W for multiple sequence alignment, and also allows to use any external alignment algorithm able to read and write FASTA-formatted files. It computes phylogenetic trees by parsimony using PHYLIP's dnapars/protpars algorithm, by distance with NJ or BioNJ algorithms on a variety of evolutionary distances, or by maximum likelihood using the program PhyML 3.0. SeaView draws phylogenetic trees on screen or PostScript files, and allows to download sequences from EMBL/GenBank/UniProt using the Internet.
Description
SeaView liest und schreibt verschiedene Dateiformate (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) mit DNS- und Proteinsequenzen sowie mit phylogenetischen Stammbäumen. Die Alignments können manuell bearbeitet werden. Es steuert die Anwendung »Muscle« oder »ClustalW« für multiples Sequenz-Alignment an und ermöglicht auch die Nutzung jedes beliebigen, externen Alignment-Algorithmus, der in der Lage ist, Dateien im FASTA-Format zu lesen und zu schreiben. Das Programm nutzt zur Berechnung von phylogenetischen Stammbäumen entweder die »dnapars«- oder »protpars«-Algorithmen aus der Sammlung PHYLIP – bei Anwendung der Sparsamkeitsmethode, die »NJ«- oder »BioNJ«-Algorithmen, die auf viele verschiedene, evolutionäre Abstände angewendet werden – bei der Abstand-Matrix-basierten Methode, oder das Programm »PhyML 3.0« – zur Anwendung der Methode maximaler Wahrscheinlichkeit. SeaView stellt phylogenetische Stammbäume auf dem Bildschirm dar oder speichert diese in PostScript-Dateien; darüber hinaus ist es möglich, Sequenzen von EMBL/GenBank/UniProt über das Internet herunterzuladen.
Translated and reviewed by Dennis Baudys
Located in Package: seaview
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Contributors to this translation: Alexander Hartl, Babak Manssouri, Björn Ternes, Carlos Perelló Marín, Carsten Gerlach, Christoph Gerlach, Daniel Schury, Daniel Timmerhindrick, Dennis Baudys, Gerjet Kleine-Weischede, Ghenrik, Helene, Hendrik Schrieber, Henry Wünsche, Lukas Bögelein, Marsu, Martin Seiffarth, Martin Weil, MicSK, Michael Vogt, Oskar Kirmis, Patrick Seemann, Phil Krämer, Robin, Stephan Woidowski, Thomas Bernard, Thomas Kranz, Thomas Schwiertz, Thomas Ziemann, Timo.Denissen, Tobias Bannert, Y. Leretaille, cgg, spaceflower.