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FastTree is more accurate than PhyML 3 with default settings, and much more accurate than the distance-matrix methods that are traditionally used for large alignments. FastTree uses the Jukes-Cantor or generalized time-reversible (GTR) models of nucleotide evolution and the JTT (Jones-Taylor-Thornton 1992) model of amino acid evolution. To account for the varying rates of evolution across sites, FastTree uses a single rate for each site (the "CAT" approximation). To quickly estimate the reliability of each split in the tree, FastTree computes local support values with the Shimodaira-Hasegawa test (these are the same as PhyML 3's "SH-like local supports").
 
Description
Le paquet FastTree est plus précis que la version[nbsp]3 du paquet PhyML avec des paramètres par défaut, et bien plus précis que les méthodes de matrices de distances qui sont traditionnellement utilisées pour de grands alignements. Le paquet FastTree utilise les modèles de Jukes-Cantor (1969) ou «[nbsp]Generalized Time Reversible[nbsp]» (GTR . Simon Tavaré , 1986) de l'évolution de nucléotides et le modèle de Jones, Taylor and Thornton (1992) de l'évolution des acides aminés. Pour tenir compte des taux variants de l'évolution à travers les sites, FastTree utilise un taux unique de chaque site (l'approximation CAT). Pour estimer rapidement la fiabilité de chaque scission dans l'arbre, le paquet FastTree calcule les valeurs d'appui avec le test de Shimodaira-Hasegawa (1999[nbsp]; Ces valeurs d'appui sont les mêmes que «[nbsp]les appuis locaux de type Shimodaira-Hasegawa[nbsp]» de la version[nbsp]3 du paquet PhyML.)
Translated by Michael Vogt
Located in Package: fasttree
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