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60953.
Probalign uses partition function posterior probability estimates to compute maximum expected accuracy multiple sequence alignments. It performs statistically significantly better than the leading alignment programs Probcons v1.1, MAFFT v5.851, and MUSCLE v3.6 on BAliBASE 3.0, HOMSTRAD, and OXBENCH benchmarks. Probalign improvements are largest on datasets containing N/C terminal extensions and on datasets with long and heterogeneous length sequences. On heteregeneous length datasets containing repeats Probalign alignment accuracy is 10% and 15% higher than the other three methods when standard deviation of length is at least 300 and 400.
 
Description
Probalign utilise l’estimation de probabilités à postériori de la fonction de partition pour calculer les alignements de séquence multiple avec la précision maximale attendue. Il obtient des résultats statistiquement significativement meilleurs que les programmes d´alignement leaders Probcons[nbsp]v1.1, MAFFT[nbsp]v5.851 et MUSCLE[nbsp]v3.6 avec les tests de performance BAliBASE[nbsp]3.0, HOMSTRAD et OXBENCH. Les améliorations de Probalign sont plus importantes sur les ensembles de données contenant des extrémités N/C-terminales et sur les ensembles de données avec des séquences de longueurs hétérogènes. Sur les ensembles de données de longueurs hétérogènes contenant des répétitions, la précision d’alignement de Probalign est 10[nbsp]% et 15[nbsp]% meilleure que les trois autres méthodes quand l´écart-type de longueur est au moins 300 et 400.
Translated by Łukasz Zemczak
Located in Package: probalign
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