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ClustalW is a popular tool for multiple sequence alignment. The alignment is achieved via three steps: pairwise alignment, guide-tree generation and progressive alignment. ClustalW-MPI is an MPI implementation of ClustalW. Based on version 1.82 of the original ClustalW, both the pairwise and progressive alignments are parallelized with MPI, a popular message passing programming standard. The pairwise alignments can be easily parallelized since the many alignments are time independent on each other. However the progressive alignments are essentially not parallelizable because of the time dependencies between each alignment.
 
Description
ClustalW es una herramienta popular para la alineación de secuencias múltiples. El alineamiento es logrado mediante tres pasos: alineamiento de pares, generación de arboles de guías y alineamiento progresivo. ClustalW-MPI es una implementación MPI de ClustalW. Basado en la versión 1.82 del ClustalW original, ambos alienamientos progresivo y de pares son paralelizados con MPI, un estándar popular de programación de paso de mensajes. Los alineamientos de pares pueden ser fácilmente paralelizados debido a que los múltiples alineamientos son independientes del tiempo el uno del otro. Sin embargo los alineamientos progresivos son esencialmente no paralelizables debido a las dependencias de tiempo entre cada alineamiento.
Translated and reviewed by Paco Molinero
Located in Package: clustalw-mpi
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