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The bio3d package contains utilities to process, organize and explore protein structure, sequence and dynamics data. Features include the ability to read and write structure, sequence and dynamic trajectory data, perform atom summaries, atom selection, re-orientation, superposition, rigid core identification, clustering, torsion analysis, distance matrix analysis, structure and sequence conservation analysis, and principal component analysis (PCA). In addition, various utility functions are provided to enable the statistical and graphical power of the R environment to work with biological sequence and structural data.
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Le paquet bio3d contient des outils pour traiter, organiser et explorer les données de structure, de séquence et de dynamique des protéines. Ils peuvent lire et écrire ces données, effectuer des sélections d'atomes, des ré-orientations, des superpositions, de l'identification de régions rigides («[nbsp]rigid core identification[nbsp]»), de l'agglomération («[nbsp]clustering[nbsp]»), de l'analyse de torsion, de l'analyse matricielle de distances, de l'analyse de structure et de conservation de séquence et l'analyse du composant principal (PCA[nbsp]: principal component analysis). En plus de cela, des fonctions utilitaires sont fournies pour permettre à la puissance graphique de l'environnement R de travailler avec des données de séquencement et de structuration biologiques.
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