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55607.
PhyML is a software that estimates maximum likelihood phylogenies from alignments of nucleotide or amino acid sequences. It provides a wide range of options that were designed to facilitate standard phylogenetic analyses. The main strengths of PhyML lies in the large number of substitution models coupled to various options to search the space of phylogenetic tree topologies, going from very fast and efficient methods to slower but generally more accurate approaches. It also implements two methods to evaluate branch supports in a sound statistical framework (the non-parametric bootstrap and the approximate likelihood ratio test).
 
Description
PhyML est un logiciel qui estime la probabilité maximale de phylogénies à partir d'alignements de séquences de nucléotides ou d'acides aminés . Il fournit de nombreuses options qui ont été conçues pour faciliter les analyses phylogénétiques classiques. Les principales forces du logiciel PhyML reposent sur la grande quantité de modèles de substitution couplés avec de nombreuses options pour rechercher l'espace des topologies d'arbres phylogénétiques, allant de méthodes très rapides et efficaces à des approches moins rapides mais généralement plus précises. Il met également en œuvre deux méthodes pour évaluer les supports de branches dans une structure statistique fiable (le test du ratio de l'amorçage sans paramètre et de la probabilité approximative).
Translated by Michael Vogt
Located in Package: phyml
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